幹木耳有保質期，一般在一到兩年左右。幹木耳不需要冷藏或冷凍儲存，一般放於陰涼乾燥處即可，若不小心沾染水分會縮短儲存時間。只是儲存時間越長，木耳的口感和營養就會流失越多，出現黴變的可能性也就越大。如果存放的幹木耳已經出現變軟、長蟲等情況，說明已經變質，不能繼續食用。
幹木耳在儲存的過程中會長出一層白膜，而這並不是黴變的情況，是水分和營養物質流失後，形成的白色物質，用水清洗後就會消失，這樣的幹木耳是可以食用的。
買回家的黑木耳長時間不吃的話，千萬不要放在食品袋中儲存，這樣黑木耳很容易吸水變味，第一步，下面放一層乾淨的紙，包裝烤鴨的那種就行。
然後把木耳放在紙箱中，再將紙箱放入冰箱，沒有冰箱放在陰涼乾燥處即可。如果儲存不當變味了，不嚴重的話可以先用開水沖泡，然後再用涼水泡發，嚴重的話，千萬不要食用。
