1、製作方法不同：黴豆腐首先將大豆製成豆腐，然後壓坯劃成小塊，擺在木盒中即可接上蛋白酶活力很強的根黴或毛黴菌的菌種，接著便進入發酵和醃坯期。最後根據不同品種的要求加以紅曲酶、酵母菌、米麴黴等進行密封貯藏。毛豆腐是通過以人工發酵的方法，讓豆腐表面生長出一層白色茸毛，將切好的豆腐塊平整放在竹條上，每塊之間留有間隙，設定環境溫度為15℃－25℃；經過3－5天后，豆腐表面長出均勻細密的絨毛，即已乳化成熟。
2、營養價值不同：腐乳(furu)，性平，味甘。所含成份與豆腐相近。具有開胃消食調中功效。可用於病後納食不香、小兒食積或疳積腹脹、大便溏薄等。善用豆腐乳，可以讓料理變化更豐富，滋味更有層次感。除佐餐外，更常用於火鍋、薑母鴨、羊肉爐、面線、麵包等沾醬及肉品加工等用途。毛豆腐的蛋白質含量豐富，而且豆腐蛋白屬完全蛋白，不僅含有人體必需的八種氨基酸，而且比例也接近人體需要，營養價值較高；有降低血脂，保護血管細胞，預防心血管疾病的作用。此外豆腐對病後調養、減肥、細膩肌膚亦很有好處。
