它主要由胚、胚乳，或是胚、子葉所組成，有些種子發芽前會有一段休眠期，短則幾天，長則數年，過了這階段後，只要遇到適合的環境，它就開始活躍起來，迫不及待的想冒芽，繁衍生息。
種子的大小形狀，顏色因種類不同而異。椰子的種子很大，油菜、芝麻的種子較小，而菸草、馬齒莧、蘭科植物的種子則更小。蠶豆、菜豆為腎臟形，豌豆、龍眼為圓球狀；花生為橢圓形；瓜類的種子多為扁圓形。顏色以褐色和黑色較多，但也有其他顏色，例如豆類種子就有黑、紅、綠、黃、白等色。種子表面有的光滑發亮、也有的暗淡或粗糙。造成表面粗糙的原因是由於表面有穴、溝、網紋、條紋、突起、稜脊等雕紋的結果。有些還可看到種子成熟後自珠柄上脫落留下的斑痕棗種臍和珠孔。
