1、指定扣繳義務人申報時，可以在取得收入時就可以享受扣除。
2、自行申報則更注重個人隱私。其中大病醫療支出只能由本人在次年辦理匯繳清繳時自行申報扣除。
個人收入如果只有工資薪金類選擇通過扣繳義務人申報。通過遠程辦税端直接向税務機關提交信息，但仍希望在扣繳單位辦理專項附加扣除的。這時，税務機關將根據納税人的選擇，把專項附加扣除相關信息全量推送至單位，單位在使用扣繳端軟件時，在“專項附加扣除信息採集”模塊，選擇需要同步的專項扣除項目，點擊更新，即可以獲取員工已經報送的專項附加扣除信息。
扣繳單位根據大家提交的專項附加扣除信息，按月計算應預扣預繳的税款，向税務機關辦理全員全額納税申報。如果未能及時報送，也可在以後月份補報，由單位在當年剩餘月份發放工資時補釦，不影響大家享受專項附加扣除。
