首先需要申請人先辦理報銷申請手續，隨後，提交報銷所需要的相關申請材料，提交材料的地點在參保人所需的社保基金管理局各分區的社保分局醫保科。
在接收到申請人的報銷申請之後，管理局的受理部門將會在收到材料之日起至5日內對於申請人所提供的的申請材料進行核查，並決定最後的受理結果。
若申請材料有誤或不齊全的話，受理部門將會通知申請人並告知其在這5日之內將所需材料一次性準備好，並修正材料中有誤的內容。
而申請人在收到《補正材料通知書》之日起的5日之內，要將材料補正完畢。超過期限將不予補正，並且撤回申請。若在期限內補正材料完畢，可以在深圳醫保報銷的有效期內重新提出申請。
若核查過程無誤，即報銷申請完成，申請人在領取過《社會醫保醫療費用報銷單》後，就可以報銷了。
