1、消化系统
2、神经精神系统
3、代谢/内分泌系统
4、其他
消化系统：可有口干、轻度恶心、呕吐、腹胀、便秘、腹泻、腹痛等；丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天门冬氨酸氨基转移酶（AST）和胆红素可有升高，一般是轻微和短暂的，大多不影响治疗。另外国外资料报道在长期使用奥美拉唑治疗的患者的胃体活检标本中可观察到胃粘膜细胞增生或萎缩性胃炎的表现。
神经精神系统：可有感觉异常、头晕、头痛、嗜睡、失眠、外周神经炎等。
代谢/内分泌系统：长期应用奥美拉唑可导致维生素B12缺乏。
其他：可有皮疹、男性乳房发育、溶血性贫血等。
