如何用primer|premier5。0软件设计引物序列

进入软件genetank窗口file---new----DNA sequence进入序列输入版块control+v输入序列改变序列选择AS菜单 进入primer引物设计进入search点OK系统自引物 选需要（评）要克隆基则primer菜单手设计

Premier 的主要功能分四大块，其中有三种功能较常用，即引物设计（primer），酶切点分析( enzyme)，基元查找( motif)。该软件还有别的一些功能，如序列”朗读”，DNA 与蛋白序列的互换（protein），发声提示键盘输入等，但其中最优秀的却是能设计简并引物。下面介绍用primer premier5.0软件设计引物序列的方法。

方法

Premier 软件的起动并打开一段序列后，界面如图所示。其主要功能在主界面上一目了然（按钮功能如上述）。酶切点分析及基元查找功能比较简单，点击该功能按钮后，选择相应的酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按“确定”即可。常见的酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新酶或基元。

打开primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特异序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度（primer length）——Automatic——OK——Search com

进行引物设计时，点击“primer”按钮，界面如图所示。

如果你要扩展的基因已经测序完成，你在网上找到序列，输入primer5，然后点primer就可以了，然后你可以手动或自动更改，知道达到的你的要求。 如果你扩增的基因还未测序完成，你只能通过别人克隆出来的相关基因设计引物，方法同上

进一步点击“search”按钮，出现 search criteria 窗口，有多种参数以调整。搜索目的（Seach For）有三种选项，PCR 引物（PCR Primers），测序引物（Sequencing Primers），杂

设计好后，点左上角的“edit”，再点“copy”，然后选择正向引物或反向引物，点击后就已经复制到剪切板里了。然后打开word、txt或者exel文件，直接ctrl+V粘贴即可。 ————————————————————————save to database是存入了PP5自己的数据库中。

交探针（Hybridization Probes）。搜索类型(Search Type)可选择上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer）都分别查找(Both)，或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上、下游引物为主

引物设计是PCR技术中至关重要的一环，专门进行引物设计的商业软如件Oligo 6和Primer Premier 5.0功能强大，但使用起来不容易。在生物帮上有文档就这一问题进行分析和探讨，帮助有需要的人最快熟悉和掌握引物设计的技巧。你可以找到，看一下。生

（Compatible With Sense/Anti-sense Primer）。另外还可改变选择区域（Search Ranges），引物长度（Primer Length），选择方式（Search Mode），参数选择（Search Parameters）等等。研究人员可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。然后按“OK”，随之出现的 Search Progress 窗口中显示 Search Completed 时，再按“OK” ，

怎样在用primer premier 5.0设计PCR引物时加入酶切位点 首页 问题 全部问题 经济金融 企业管理 法律法规 社会民生 科学教育 健康生活 体育运动 文化

这时搜索结果以表格的形式出现，有三种显示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，

这个用primer5是计算不出来的，把引物放在NCBI上做一个primer blast，可以搜索到引物扩增产物的序列和长度

成对显示(Pairs)。

设计好后，点左上角的“edit”，再点“copy”，然后选择正向引物或反向引物，点击后就已经复制到剪切板里了。然后打开word、txt或者exel文件，直接ctrl+V粘贴即可。 ————————————————————————save to database是存入了PP5自己的数据库中。就像这样：

默认显示为成对方式，并按优劣次序（Rating）排列，满分为 100，即各指标都能达标，如图所示。

打开primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特异序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度（primer length）——Automatic——OK——Search com。

点击其中一对引物，如第 1#引物，并把上述窗口挪开或退出，显示 Peimer Premier 主窗口，如图所示。该图分三部分，最上面是图示 PCR 模板及产物位置，中间是所选的上下游引物的一些性质，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引发情况（False Priming），及上下游引物之间二聚体形成情况（Cross Dimer）。

oligo最新版本是 oligo7 很好用 pp6 oligo7貌似都得算号器安装吧 不麻烦的

当所分析的引物有这四种结构的形成可能时，按钮由“None”变成“Found” ，点击该按钮，在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏有“Found” ，只有 “None”。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度，可参考应用。有时需要对引物进行修饰编辑，如在 5’端加入酶切点，可点击“Edit Primers”，然后修改引物序列。若要回到搜索结果中，则点击“Results”按钮。

引物设计有3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。引物设计应注意如下要点： 1 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-2

扩展阅读，以下内容您可能还感兴趣。

哪种PCR引物设计软件好用啊？

oligo最新版本是 oligo7 很好用

pp6 oligo7貌似都得算号器安装吧 不麻烦的追问pp6与oligo7哪个设计引物好一点呀，我有oligo7，但下载的pp6没安装上追答我以前一直用的pp5设计检测引物，pp5的搜索功能很强大

用oligo6在固定位置设计引物，oligo系列的分析能力很强大 界面也很直观

但是到oligo7发布 彻底抛弃pp系列了 oligo7的搜索功能有很大改进 界面却很颠覆，相对之前的版本，需要适应适应。

听说pp系列能连接ncbi数据库进行引物特异性分析 倒是没用过 不知道oligo系列有没有这个功能

都是相当好的软件，各有特色 对于普通用户 更多是习惯问题

用primer premier 5.0设计引物时怎么消除二聚体

你不能通过软件使可能形成二聚体的引物不形成二聚体，只能重新设计别引物

如何用Primer Premier5 检验已有引物啊？

引物设计有3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。引物设计应注意如下要点：

1 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。

2 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3 个以上的连续碱基，如GGG 或CCC，也会使错误引发机率增加[2]。

3 引物3’端的末位碱基对Taq 酶的DNA 合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A 的错配效率明显高于其他3 个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。5’端序列对PCR 影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。

4 引物序列的GC 含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5 引物所对应模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm 值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo 软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method)。

6 ∆G 值是指DNA 双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端∆G 值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间∆G 值相对较高的引物。引物的3’端的∆G 值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA 聚合反应[6]。

7 引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行[8]。

8 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR 产物的载体的e69da5e887aae799bee5baa6e997aee7ad9431333262346436相应序列而确定。

参考资料：http://www.biox.cn/content/20050513/13048.htm

谁会用primer premier6.0设计引物啊。具体步骤{最好有截图}一步一步。有帮助的话，我再奖励50分。拜托。

手头百的电脑没装。。。如果没记错的话 new sequence---DNA sequence---as it is---research primer---设置引度物位置范围和产专物长度----出来打分的引物---edit里面点copy 然后属出来粘贴上

如何用 primer premier5 设计简并引物，可否给个详细流程。谢谢

用什么软件设计都一样啊 只是要找到保守区域而已吧