组合贷款的优点非常明显，但也存在以下3个缺点：
1、办理的银行必须由公积金管理中心指定，使得购房人在选择银行、贷款产品以及还款方式上存在一定程度的制约。
2、组合贷同时涉及到公积金与商业两种贷款，所以需要进行两遍审核程序，而商业贷款部分需要抵押登记后银行见他项权利证才能放款，这也使得组合贷在办理流程上比纯商贷与纯公积金时间更长。
3、由于组合贷款需要分开收取公积金与商业贷款的服务费，所以与纯商业贷款相比，借款人在办理组合贷时可能会增加费用支出。
每一种贷款都有优点也有缺点，选择商业贷款还是组合贷款买房，购房人需要结合自身条件，再制定相应的策略以减少房贷的首付和利息，才能节省买房的成本。另外需要注意的是，各地公积金中心对公积金管理规定不同，有关具体的贷款事宜，可以电话咨询各地银行和公积金管理中心。
