1．发票的监管指定印制企业不同：
增值税专用发票由国务院主管税务部门指定的企业印制；
其他发票则分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。
2、票面内容不同：
增值税专用发票票面上印有“增值税专用发票”字样，普通发票则有“增值税普通发票”字样。
3．发票使用人不同：
增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用并开具；小规模纳税人需要开具的，只能由当地的地税机关代开（但截至2018年2月1日建筑业、住宿业、鉴证咨询业以及工业及信息传输、软件及信息技术服务业小规模纳税人可自行开具增值税专用发票）；
普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用开具，但是未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购。
4．发票的联次不同：
增值税专用发票一般来说有至少有三联，发票联、抵扣联、记账联；
普通发票一般来说有两联，发票联和记账联。
5．发票的作用不同：
对于一般纳税人开票企业来说，不管其开具专票或者普票其都要缴纳增值税销项税，对于小规模纳税人开票企业来说，只有委托税务局代开专票时需要即时缴纳增值税销项税额，其他可以按照月销售额不超3万或者季销售额不超9万享受免征增值税的优惠政策。
而对于一般纳税人购货企业来说，其取得的增值税专票可以抵扣进项税；但其取得普通发票却不能抵扣进项税。对于小规模纳税人购货企业来说，收到的两种发票均不可以抵扣。
